Phim lấy bối cảnh cuộc thảm sát Nam Kinh năm 1937. Đó là cuộc hủy diệt thành phố, tàn sát hàng vạn tù binh và dân thường do quân đội Nhật tiến hành khi tràn vào Nam Kinh.
Giữa lúc đó, một nhóm các nữ sinh trường dòng Winchester và một nhóm các kỹ nữ sông Tần Hoài bị mắc kẹt lại Nam Kinh, chưa thể ra khỏi thành phố. Họ phải ẩn nấp cùng nhau trong một nhà thờ. Mâu thuẫn bắt đầu từ đây khi những cô nữ sinh ngoan đạo, vốn đã quen với Kinh thánh và lễ giáo không chấp nhận sống chung với kỹ nữ, những người mà trong mắt họ, là thành phần thấp kém, đáng khinh.
Những mâu thuẫn giữa các cô gái cứ tiếp diễn bên trong nhà thờ. Đỉnh điểm là lúc các nữ sinh không cho phép đám kỹ nữ dùng chung nhà tắm vì ngại dơ bẩn, và kịch tính kết thúc bằng một viên đạn chí mạng của quân Nhật bắn trúng đầu một nữ sinh. Lính Nhật xông vào cướp bóc, bắt bớ. Lúc đầu các nữ sinh định trốn xuống tầng hầm, nhưng rồi để che giấu cho đám kỹ nữ, các cô bé đã quyết định chạy lên lầu, đánh lạc hướng đám lính Nhật. Hành động cao cả đó chính là tiền đề hóa giải mọi bi kịch và khúc mắc sau này.
Chỉ kéo dài hơn một phút nhưng phân đoạn lính Nhật tràn vào nhà thờ có lẽ là phân đoạn ám ảnh và kinh khủng nhất đối với người xem. Tiếng la thét, kêu gào, đập phá và cả tiếng cười man rợ của bọn lính Nhật; những góc máy quay chậm, trực tiếp càng khắc họa rõ nét sự tàn bạo của chiến tranh.
Một phút này đối với người xem dài như cả hàng giờ, và có lẽ cũng là một phút đấu tranh tâm lý dài nhất trong cuộc đời John, đánh thức bản ngã và tình thương trong ông. John là một người Mỹ làm nghề tẩm liệm. Ông đến nhà dòng Winchester với mục đích ban đầu để tẩm liệm cho cha cố Ingleman đã mất. Sau đó John ở lại nhà thờ vì nơi đó có chiếc giường tốt nhất mà ông từng được ngủ, có thuốc lá, có rượu và các cô kỹ nữ xinh đẹp.
Thậm chí lúc lính Nhật tràn vào nhà thờ, John đã lấy quần áo của cha cố mặc vào vì nghĩ lính Nhật sẽ không giết linh mục, sau đó trốn trong tủ quần áo. Nhưng rồi John đã xuất hiện như một vị thánh, lấy danh nghĩa của cha xứ yêu cầu bọn lính Nhật dừng lại. Đây là một trong số những phân cảnh cảm động nhất của phim.
Sống cho riêng mình dường như đã trở thành bản năng của những con người trong thời chiến tranh loạn lạc, một điều nghe có vẻ phũ phàng nhưng rất thực tế. Không ai sinh ra đã là anh hùng, và John cũng vậy. Nhưng có lẽ chính trong cái giây phút ấy, sự nhân văn đã khiến ông hành động như vậy.
Phim lên đến cao trào khi lính Nhật muốn các nữ sinh đến hát trong tiệc mừng công của chúng. Ai cũng đều biết chuyện gì sẽ xảy đến với các em khi nộp mình cho bọn Nhật. Các em quyết định tự sát để bảo toàn danh dự. Để ngăn các em không tự sát, các kỹ nữ đã hứa sẽ thay các em đi. Lời hứa bộc phát để cứu người lúc cấp bách, nhưng nghĩ kĩ đến hậu quả thì ai mà không sợ. Phim cũng khắc họa rất rõ nét sự chần chừ, lưỡng lự, băn khoăn của các kỹ nữ, nhưng cuối cùng họ vẫn quyết giữ lời hứa.
Anh hùng có ở đâu xa cơ chứ, anh hùng đâu phải chỉ ở những hành động to lớn vĩ đại. Họ có thể không ra chiến trường, không cầm súng giết giặc, nhưng tôi nghĩ, với hành động hy sinh bản thân để cứu người khác khỏi rơi vào cảnh ngộ như mình, cứu cả tương lai của người khác, các cô kỹ nữ này vẫn xứng đáng được xem như những anh hùng.
Bộ phim kết thúc bằng hình ảnh các cô kỹ nữ lên xe đi đến buổi tiệc của người Nhật; John cùng các nữ sinh lên xe tải đi về hướng Tây, chạy trốn khỏi Nam Kinh. Con đường nhỏ đầy cát bụi, ánh mặt trời ban chiều hiu hắt, những giọt nước mắt lăn dài trên gương mặt John, một cảnh tượng thê lương và não lòng.
Không ai biết số phận các kỹ nữ sẽ ra sao? Họ có bị lạm dụng, bị phát hiện và bị giết chết không? Không ai biết được, nhưng chúng ta đều có quyền hi vọng. Tôi vẫn luôn hi vọng rằng các cô sẽ chỉ đơn giản đến hát cho lính Nhật nghe và sau đó được thả về. Trong cái hiện thực khắc nghiệt của chiến tranh tàn bạo, một chút hi vọng le lói cũng đủ để người ta thấy vững tin và muốn sống hơn.
Phim mang phong cách đặc trưng của Trương Nghệ Mưu. Những cảnh quay chậm, đặc tả gương mặt nhân vật, mạch phim đi chậm và sâu lắng, khiến người xem luôn có cảm giác trầm buồn và ám ảnh. Âm nhạc cũng là một phần không thể thiếu trong những tác phẩm của Trương Nghệ Mưu. Tiếng đàn tì bà bi thương như cứa vào lòng người xem.
Kim Lăng Thập Tam Thoa là một bản anh hùng ca đầy xúc động. Con người ai cũng có quyền ích kỉ trước sự sống chết của mình, nhưng vào thời khắc quan trọng nhất, tình yêu thương đồng loại đã giúp họ vượt qua những toan tính cá nhân để hy sinh vì người khác. Chính ý nghĩa nhân văn xuyên suốt đó đã khiến bộ phim để lại ấn tượng sâu sắc trong lòng người xem.