Tại sao cần phải nghiên cứu virus

*** The following text is out-of-date.***

For the latest news about COVID-19, please open the COVID Reference homepage.

< < < Trang chủ

Vui lòng tìm hình minh họa trong bản PDF miễn phí.

Nội dung vẫn đang được cập nhật. Tác giả sẽ được tiết lộ sớm.

Virus Corona rất phổ biến ở cả người và động vật. Virus có vỏ bọc [enveloped virus] này gồm một sợi RNA dương bản [+]. Hầu hết các virus hoàn chỉnh có hình cầu với các protein gai [spike glycoprotein, còn gọi là S protein] gắn trên vỏ ngoài. Ngoài ra, virus còn có các protein cấu trúc khác bao gồm protein Envelope [E], Matrix [M] và Nucleocapsid [N].

Họ Coranaviridae bao gồm 4 chi [genera], alpha-, beta-, delta- và gammacoronavirus, cũng như một vài phân chi [subgenera] và loài [species].  Những phân tích về phát sinh chủng loại học [phylogenetic analysis] trên bộ gen của virus Corona cho thấy SARS-CoV-2 là thành viên mới của chi betacoronavirus. Chi này cũng bao gồm virus Corona gây nên Hội chứng hô hấp cấp tính nặng [Severe Acute Respiratory Syndrome-related coronavirus – SARS-CoV], virus gây Hội chứng hô hấp cấp Trung Đông [Middle East Respiratory Syndrome-related coronavirus – MERS-CoV], Hội chứng hô hấp cấp tính nặng từ dơi [bat SARS-related coronaviruses  – SARSr-CoV], cũng như những loài virus khác đã được tìm thấy ở người và ở nhiều loài động vật đa dạng. Việc lây truyền virus Corona trong cùng loài động vật và giữa các loài khác nhau cùng với sự tái tổ hợp di truyền góp phần vào sự xuất hiện của các chủng virus Corona mới.

SARS-CoV-2 có liên quan về mặt phân loại với phân chi Sarbecovirus cùng với SARS-CoV và virus Corona tương tự SARS có nguồn gốc từ dơi [bat SARS-like-CoV]. Kết quả giải trình tự bộ gen cho thấy rằng SAR-CoV-2 có chuỗi gen gần giống với betacoronavirus được phát hiện ở dơi, nhưng khác biệt với SARS-CoV. Các phần sau bao gồm các tài liệu chính về các chủ đề quan trọng.

Phân loại virus

Vui lòng xem qua phần bình luận của những nghiên cứu này.

Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol. 2020 Apr;5[4]:536-544. PubMed: //pubmed.gov/32123347. Full-text: //doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z

Một tuyên bố đồng thuận xác định phân loại SARS-CoV-2 [từng được gọi tạm thời là 2019-nCoV] vào họ Coronaviridae.

Ceraolo C, Giorgi FM. Genomic variance of the 2019-nCoV coronavirus. J Med Virol. 2020 May;92[5]:522-528. PubMed: //pubmed.gov/32027036. Full-text: //doi.org/10.1002/jmv.25700

Phân tích 56 trình tự gen của virus SARS-CoV-2 phân lập từ các bệnh nhân khác nhau cho thấy trình tự gen của chúng có sự tương đồng cao [> 99%]. Một vài vùng có biến đổi gen, chủ yếu ở locus ORF8 [mã hóa cho proteins phụ]

Zhou P, Yang XL, Wang XG, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020 Mar;579[7798]:270-273. PubMed: //pubmed.gov/32015507. Fulltext: //doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

Trình tự gen hoàn chỉnh của SARS-CoV-2 từ 5 bệnh nhân ở giai đoạn sớm của dịch bệnh chỉ ra rằng 79,6% trình tự giống với SARS-CoV và 96% giống với virus Corona ở dơi.

Biến dị di truyền

MacLean O, Orton RJ, Singer JB, et al. No evidence for distinct types in the evolution of SARS-CoV-2.  Virus Evolution. Full-text: //doi.org/10.1093/ve/veaa034

Đừng suy luận quá mức từ dữ liệu về bộ gen! Trong nghiên cứu này, tác giả đã thảo luận về những khó khăn trong việc chứng minh sự tồn tại của một đột biến gen nào đó của virus hay ảnh hưởng thực sự của đột biến gen này lên chức năng, và lời khuyên là đừng suy luận quá mức.

Zhang X, Tan Y, Ling Y, et al. Viral and host factors related to the clinical outcome of COVID-19. Nature [2020]. Full-text: //doi.org/10.1038/s41586-020-2355-0

Các biến thể virus không ảnh hưởng đến kết quả lâm sàng. Nghiên cứu quan trọng này [thực hiện trên 326 trường hợp] đã tìm thấy ít nhất hai dòng virus chính có lịch sử lây nhiễm khác biệt trong giai đoạn đầu của dịch bệnh ở Vũ Hán. Bệnh nhân bị nhiễm hai dòng virus khác nhau này không cho thấy có sự khác biệt đáng kể nào về các đặc điểm lâm sàng, tỷ lệ đột biến hoặc khả năng truyền bệnh.

Nguồn gốc và các vật chủ

Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WA, Holmes EC, Garry RF. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. Published: 17 March 2020. Fulltext: //www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

Bài đánh giá về các đặc điểm đáng chú ý trong bộ gen của SARS-CoV-2, so sánh với chi alpha- và betacoronavirus. Những hiểu biết sâu sắc về nguồn gốc cho thấy virus này không phải là sản phẩm của phòng thí nghiệm hay bị điều chỉnh cố ý bởi bàn tay con người.

Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019 Mar;17[3]:181-192. PubMed: //pubmed.gov/30531947. Full-text: //doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9

SARS-CoV và MERS-CoV có khả năng bắt nguồn từ dơi, cả hai loài này lây nhiễm cho người thông qua các vật chủ trung gian khác nhau.

Lam TT, Shum MH, Zhu HC, et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. 2020 Mar 26. pii: 10.1038/s41586-020-2169-0. PubMed: //pubmed.gov/32218527. Fulltext: //doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0

Liệu tê tê Malaysia có phải là một vật chủ trung gian? Giải trình tự gen thu thập từ môi trường [metagenomic sequencing] đã phát hiện các virus Corona lây nhiễm trên tê tê, trong đó bao gồm một loài virus có sự tương đồng mạnh mẽ với SARS-CoV-2 trong miền liên kết thụ thể [receptor-binding domain – RBD] trên protein S.

Xiao K, Zhai J, Feng Y, et al. Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins. Nature. 2020 May 7. PubMed: //pubmed.gov/32380510. Full-text: //doi.org/10.1038/s41586-020-2313-x

Trong một trung tâm cứu hộ động vật hoang dã, các tác giả đã tìm thấy một loại virus corona trong 25 con tê tê Malaysia [một số bị bệnh nặng], cho thấy 90-100% axit amin trùng khớp với SARS-CoV-2 trong các gen khác nhau. So sánh các phân tích về bộ gen cho thấy SARS-CoV-2 có thể có nguồn gốc từ sự tái tổ hợp của một loại virus tương tự virus Corora trong tê tê  với một loại virus giống CoV-RaTG13 từ dơi. Vì RBD của Pangolin-CoV gần giống hệt với SARS-CoV-2, virus trong tê tê thể hiện mối đe dọa tiềm tàng trong tương lai đối với sức khỏe cộng đồng. Tê tê và dơi đều là động vật sống về đêm, ăn côn trùng và sống cùng nhau trong các hang hốc tự nhiên, khiến tê tê trở thành vật chủ trung gian lý tưởng. Hãy dừng buôn bán tê tê bất hợp pháp!

Zhang T, Wu Q, Zhang Z. Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak. Curr Biol. 2020 Mar 13. pii: S0960-9822[20]30360-2. PubMed: //pubmed.gov/32197085. Fulltext: //doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022

Nghiên cứu trên đây gợi ý rằng tê tê là loài chứa mầm bệnh tự nhiên [natural reservoir] của các virus Corona gần với SARS-CoV-2. Virus Corona ở tê tê [Pangolin-CoV] được tìm thấy lần lượt giống SAR-CoV-2 đến 91% và giống Bat-CoV RaTG13 90,6%.

Zhou H, Chen X, Hu T, et al. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Curr Biol. 2020 May 11. PubMed: //pubmed.gov/32416074. Full-text: //doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023

Một loại virus corona mới có nguồn gốc từ dơi được xác định từ phân tích di truyền học [metagenomics] các mẫu thu thập từ 227 con dơi ở tỉnh Vân Nam vào năm 2019. Đáng chú ý, RmYN02  có tới 93,3% nucleotide giống với SARS-CoV-2 ở bộ gen hoàn chỉnh và 97,2% trong gen 1ab, và nó là họ hàng gần nhất của SARS-CoV-2 được báo cáo cho đến nay. Tuy nhiên, RmYN02 cho thấy mức độ tương đồng thấp [61,3%] trong vùng liên kết thụ thể và có thể không liên kết với ACE2.

Khả năng tồn tại và độ lây truyền của virus

Chin AW, Chu JT, Perera MR, et al. Stability of SARS-CoV-2 in different environmental conditions.The Lancet Microbe 2020, April 02. DOI://doi.org/10.1016/S2666-5247[20]30003-3. Full-text: //www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247[20]30003-3/fulltext

SARS-CoV-2 rất ổn định ở 4°C [lượng virus hầu như không giảm sau 14 ngày] nhưng nhạy cảm với nhiệt [70°C: bất hoạt sau 5 phút, 56°C: 30 phút, 37°C: 2 ngày]. Nó cũng phụ thuộc vào bề mặt: không có virus còn khả năng lây nhiễm nào trên giấy in và khăn giấy sau 3 giờ, trên gỗ đã qua xử lý và quần áo sau 2 ngày, thủy tinh và tiền giấy sau 4 ngày, thép không gỉ và nhựa sau 7 ngày. Đáng chú ý, có thể phát hiện virus còn khả năng lây nhiễm [